本作品為《魔法禁書目錄》外傳作品，以學園都市暗部組織「道具（Item）」為主角所展開的故事。位於東京西部的巨大「學園都市」。總人口達二百三十萬人，其中約八成為學生。在這座都市裡，為了開發超能力而設有特殊課程，學生們的能力依照等級，從「無能力（Level 0）」到「超能力（Level 5）」共分為六個等級。這座擁有遠超世間常識的科學技術，人人都能被賦予科學能力並安全生活的夢幻般教育機構——在那份和平的背後，卻存在著一群負責處理絕不會公開於世的骯髒工作的「暗部」組織。「道具」——由四名少女組成的精銳部隊。能夠自由操縱氮氣，擔任銅牆鐵壁般防禦的絹旗最愛。運用爆裂物與陷阱，在戰場上玩弄敵人的芙蘭達·塞維倫。能夠讀取能力者所釋放的微弱力量並加以追蹤的瀧壺理后。以及學園都市僅有七人的「超能力者（Level 5）」之一——麥野沈利。然而，出現在她們面前的「第五名」少女，與她的相遇，將引領「道具」步入更深的黑暗——這是一段描寫這群滿身暴力、非道與背德，性格相當與眾不同的能力者少女們的日常、羈絆，以及很深很深的「黑暗」的故事。